當潔凈手術室凈化空調系統內設備完成單機調試，符合設計和規范要求后，進入聯合調試，聯合調試主要檢查：通風與空調工程的控制和監測設備，應能與系統的檢測元件和執行機構正常溝通，系統的狀態參數應能正確顯示，設備聯鎖、自動調節、自動保護應能正確動作。
當送風、回風、排風管上防火閥關閉時，機組立即關閉，并發出報警信號。
當機組出現異常高溫的情況時，立即切斷加熱器的電源。
因皮帶松動或系統阻力增大而導致風量降低到某數值時，即關閉所有的加熱、加濕設備。
在寒冷的北方地區，當表冷器后的風溫低于5℃時，機組自動停機，并發出報警信號。
電極加濕器與送風機組聯鎖控制，送風機運行且機組無缺風狀況時，電極加濕器才能工作。
測量濕度低于設定濕度時，DDC控制器根據內部控制程序輸出，加濕器根據輸出信號大小控制加濕量的大小。
DDC控制器根據內部控制程序輸出0～10V制冷信號，冷水閥根據輸出制冷信號大小控制冷水流量大小。
DDC控制器根據內部控制程序輸出0～10V加熱信號，熱水閥根據輸出加熱信號大小控制熱水流量大小。
測量回風管上的溫度和濕度，向機組DDC控制器提供手術室溫濕度檢測信號。
檢測機組送風壓力大小，向DDC控制器提供4～20mA送風壓力檢測信號。
當冷水盤管后的風溫在12℃～16℃范圍內，且除濕機組無故障時，除濕機投入運行。
冬季停機，且盤管后風溫低于5℃時，防凍電預熱自動投入。
正常停機時，其順序為：關加濕器、關加熱器、關水閥，延時3分鐘再關風機、關新風閥。
對潔凈手術室墻、頂、地面、裝備、送回排風口、送風天花再次進行清潔。
初、中效和高效過濾器堵塞時，發出清洗更換的報警信號。
對Ⅰ級潔凈手術室達到100級潔凈度的手術區和有局部100級的Ⅰ級潔凈輔助用房中達到100級潔凈度的區域，應先測其工作區截面平均風速，根據實測情況進行調節，調至綜合性能檢測結果不應小于0.27m/s，并不應超過《醫院潔凈手術部建筑技術規范》（GB50333-2002）規定的風速上限1.2倍。
在潔凈區所有門都關閉的條件下，從平面上最里面的房間依次向外或從空氣潔凈度級別最高的房間依次向低級別的房間，測出有孔洞相通的相鄰兩間潔凈用房的靜壓差，在測試過程中進行調整，調至綜合性能測定結果應大于規范規定值。
測定高度距地面0.8m，測孔截面平行于氣流方向，測點選在無渦流無回風口的位置。檢測儀器為讀值分辨率可達到1Pa的斜管微壓計或其他有同樣分辨率的儀表。
Ⅰ級潔凈手術室和潔凈輔助用房預檢測前，系統應已運行15min，其他潔凈房間應已運行40min。在確認風速、換氣次數和靜壓差的檢測無明顯問題之后，再預檢含塵濃度。
在潔凈手術室內情報控制面盤上遠程調控溫濕度指標，達到設置值后，用溫度儀、濕度計實測對照，根據多次實測數據，對DDC進行糾偏調整，直至控制精度一致并滿足規范要求。