無菌室是企業存放無菌產品或道具的地方，不同行業有不同的使用方法，不同位置存放不同的器材或道具。如醫院的儀器、器械、平皿、紗布、手術器具等與傷口接觸的任何東西都是存放在無菌室。無菌室應保持清潔，備有工作濃度的消毒液，70%的酒精，0.1%的新潔爾滅溶液等，而且嚴禁堆放雜物，以防污染。
無菌室空氣凈化工程是屬于生物凈化工程的一種，一般無菌室要求的潔凈度為萬級，標準的微生物檢測實驗室都會專門開辟5~8個平方出來建造無菌室，可以用板材和玻璃建造，面積不宜過大，約4~5平方米即可，高2.5米左右。無菌室只要夠放置實驗室樣品及必需的設備即可，面積無需過大而造成浪費，面積過大對于做無菌室空氣凈化工程來說不僅僅是提高建造成本而已，日后的運行及維護費用也會高的令人驚訝。
無菌室外要設一個緩沖間，緩沖間的門和無菌室的門不要朝向同一方向，以免氣流帶進雜菌。無菌室和緩沖間都必須密閉。室內裝備的換氣設備必須有空氣過濾裝置。一般微生物檢測按照實驗室行業要求都需要在無菌室中進行，很多食品菌、微生物等都是在超凈工作臺中完成檢測和化驗的。
隨著科技的進步，社會對飲食，健康等問題看得十分重視，無菌室的要求也越來越嚴格。國家為了保障人民的安全問題，無菌室在不斷的普及。因此無菌室空氣凈化將在凈化工程領域扮演著越來越重要的角色。