生物安全實驗室的建設方案包括：建筑布局和裝修、空氣調節、給排水、氣體供應、電氣設計、集中控制、安防、施工工藝、檢測、培訓等多方面內容，特別是對該方案的以下幾個方面要做極為充分考慮。
建筑布局和裝修方案
是潔凈實驗室-生物安全實驗室安全運行的基礎。由于微生物病菌的危險性，必須防止危險性微生物向外界擴散，全面地阻斷危險性微生物與外部環境的接觸途徑，同時避免微生物受外界污染，影響實驗結果的準確性，必須采取合理的實驗室布局和裝修方案。實驗室布局按照安全要求合理地劃分成清潔區、半污染區和污染區，采用人與物分別設置專用通道，設置必要的緩沖間，采用一次隔離和二次隔離等措施，能有效的避免交叉污染，從根本上防止危險性微生物的擴散；實驗室裝修采用可靠的材料，合理的施工措施，保證潔凈實驗室-生物安全實驗室始終處于相對密封的環境，防止微生物的外逸，易于實驗室的清潔消毒，同時避免外部對實驗室環境的破壞。
空氣調節系統
是潔凈實驗室-生物安全實驗室安全運行的關鍵。由于潔凈實驗室-生物安全實驗室內操作對象是危險性的微生物，對人體、動植物或環境具有危害，必須通過采用合理的空氣調節系統，保持潔凈實驗室-生物安全實驗室的相對負壓環境無論何時都不被破壞，以保證實驗室內危險性微生物不能向外部環境中擴散。空氣調節系統必須可靠運行，采用先進技術，合理利用和節約能源與資源，保證環境的質量和安全，為實驗人員提供所需要的溫度和濕度，保障生物實驗在安全的條件下進行，以確保實驗結果得準確性。同時它還必須控制實驗室的潔凈度，對新風進行過濾，使實驗室達到一定的凈化要求。其中排風系統是重點，對于保證實驗室相對負壓環境和有效過濾室內污染排風起著重要的作用。
控制系統
是整個潔凈實驗室-生物安全實驗室安全運行的神經中樞。由于潔凈實驗室-生物安全實驗室的實驗對象是危險性的微生物，出于嚴格控制污染的原則，它要求以最少的維護人員，運用最優化的管理維護手段，來實時監控每一個實驗室中設備所處的物理環境，保證實驗室運行過程中始終處于相對負壓環境，防止危險性微生物外泄。
檢測方案
是潔凈實驗室-生物安全實驗室長期安全運行的保證。由于潔凈實驗室-生物安全實驗室的特殊性，除了進行嚴格的設計、施工、調試外，為確保其安全性，必須對其進行必要的工程檢測和嚴格的驗收，達到安全要求和使用要求后才可投入運行。另外，使用過程中的一些因素，如非專業的管理和使用，高效過濾器的更換等，都會對實驗室的安全性產生影響，因此，使用中的定期檢測與同樣重要。
培訓方案
由于潔凈實驗室-生物安全實驗室中的實驗人員通常都是醫學專家，對于實驗室整個系統原理不一定十分了解，通過培訓方案，讓所有實驗室工作人員了解整個系統的特點，掌握其運行規律，可以及時發現安全隱患，并及時做出相應的應急處置，控制住事態的進一步惡化，對減輕后續維修工作的難度是有很大幫助的。