潔凈室的交叉污染廣泛存在，避免交叉污染是潔凈室塵粒控制的一項重要內容。
交叉污染是指通過人員往返、工具運輸、物料傳遞、空氣流動、設備清洗與消毒、崗位清場等途徑，將不同種塵粒混入導致污染，或因人為、工器具、物料、空氣等不恰當的流向，使潔凈度低的區域的污染物傳入潔凈度高的區域，而造成交叉污染。那么，如何防止交叉污染呢？
潔凈室的交叉污染廣泛存在，避免交叉污染是潔凈室塵粒控制的一項重要內容。
交叉污染是指通過人員往返、工具運輸、物料傳遞、空氣流動、設備清洗與消毒、崗位清場等途徑，將不同種塵粒混入導致污染，或因人為、工器具、物料、空氣等不恰當的流向，使潔凈度低的區域的污染物傳入潔凈度高的區域，而造成交叉污染。那么，如何防止交叉污染呢？
合理布置空間面積
合理布局首先要理順工藝流程，避免迂回往返。工作室的平面空間應合理，既有利于操作，又便于維修，不應預留閑置面積和空間。合理的空間與面積，也有利于合理的分區，防止混雜事故。
應該引起注意的是：潔凈室并非越大越好，面積和空間的大小關系著送風量的多少，決定著空調能耗的大小，影響工程的投資。但潔凈室的空間面積也不可太小，太小可能不便于操作、維修。所以，設計合理的空間面積應考慮到設備操作、維修的需要。生產區和儲存區應有與生產規模相適應的空間面積，用以安置設備、物料，便于操作和維修。一般潔凈室高度控制在2.60米，對個別較高的設備可在局部加高，而不宜全面提高潔凈區的高度。車間內部應設有物料的中間站，其面積足以存放物料、中間產品、待驗品和成品，且便于明確分區，以最大限度地減少差錯和交叉污染。
提高設備等級
設備的材質、加工精度、密閉程度以及管理制度都與交叉污染有關。所以除了合理布局外，提高設備的自動化水平和組成聯動的生產線，以減少操作人員，降低人員的活動頻率，是防止交叉污染的必要措施。
分設空調凈化系統
潔凈室的空調凈化系統應根據不同的潔凈度等級分設。對不同潔凈度等級的潔凈室，產生粉塵和有害氣體的潔凈室，被排介質毒性大的、有易燃易爆氣體的崗位，應單獨設局部排風系統。潔凈室的排風口應有防倒灌裝置。送風、回風和排風的啟閉應有連鎖裝置。
嚴格控制人流物流
潔凈室應設專用的人流、物流通道。人員應按規定的凈化程序進入，并應嚴格控制人數。對于物料可在除去浮塵后拆去外包通過緩沖間或傳遞柜送入。不同潔凈等級的潔凈區物品則通過傳遞窗傳送。中間站宜設在中心位置，以便縮短運送距離。潔凈區內不設與本崗位無關的管道。充分利用上下或周圍的技術夾層，所有公用管道、工藝管道的主干管均在技術夾層安裝。穿越地面、隔墻的管道盡可能靠近使用點并敷設套管，套管內的管道不應有焊縫，管道與套管之間應有可叉的密封措施。進入潔凈室的管道應為不銹鋼材質。