由于其結構要求高，管理也相對比較專業，所以在感染預防方面更需要引起重視。
伴隨著現代醫療科技的高度發展，眾多大型醫院紛紛建設現代化潔凈層流手術室。通過凈化空氣系統，使潔凈層流手術室能有效控制室內溫度、濕度和塵埃顆粒，為醫護人員創造理想的工作環境，減少手術感染率，提高手術質量，是現代大型醫院的發展趨勢。以下是潔凈層流手術室感染的幾種預防對策。
一、注意手部清潔和手部消毒
手術洗手是控制層流潔凈手術室感染的有效措施，普通洗手細菌總數5Fu/cm2，手術洗手后擦凈消毒液，無菌生長。護理員接觸病人或污物前后，進行無菌操作前后，應洗手，上臺護理員應嚴格按照刷手程序進行，不要急于求成，減少刷手步驟和時間，洗手前先用消毒液擦拭雙手。擦手巾應放在清潔臺面上，打開后不用4小時以上再消毒。
二、無菌物品的有效滅菌效果
手術室消毒是潔凈層流潔凈手術室控制感染的重要措施之一，原則上手術室器械應采用高壓蒸汽進行消毒，對于不能耐高溫高濕的器械，先選環氧乙烷消毒，環氧乙烷是高效低濕型器械(橡膠、塑料等)最好的消毒方法，HBsAg陽性，特殊感染的手術室器械應先用0.2%有效氯浸泡30min，再用清水清清除器械表面的有機物，擦拭上油后包裝，特殊手術使用的器械需采用雙重高壓消毒。
三、嚴防銳器損壞
潔凈層流手術室工作人員嚴格按照操作規程，正確操作器械，使用持針器上卸刀片，使用過的針頭和留置針不能被套入針帽內，正確使用銳器盒，避免在操作銳器時造成自身傷害。若刺傷銳器，應遵循處理原則，并抽血追蹤檢查。穿著鞋跟的鞋子，避免腳部受血液污染。鞋子要每天清洗消毒，做到一人一鞋，專供專用鞋子。對于有化膿性足癬或腳癬的患者，應進行隔離清洗，單獨消毒。
四、一次性醫療用品的管理
手術室病人血液、體液、分泌物和排泄物是醫院感染的主要傳染源，使用一次性醫療用品、衛生用品，可有效控制潔凈層流手術室醫源性感染，使用前先檢查一下一次性消毒用品，核對產品名稱、型號規格、制造廠名、商標、無菌有效期、生產批號等，密封包裝好，方可使用，如有過期、不合格、不配套、污染、濕氣、破舊、字跡模糊等，一律不得使用。
五、無菌持物鉗消毒方法的改進
無菌持物鉗在潔凈層流手術室經歷了由濕式到干式再到取消式的改進，其操作效果可靠，方便，節約成本。最好的方法是取消無菌持物鉗，方法簡單、方便，只需將手術室內的物品單獨包裝，進行高壓滅菌。采用取消無菌夾具可以減少污染環節，使無菌物品不受二次污染，同時也降低了手術室醫療材料的成本。因此取消無菌夾具十分符合醫院感染控制要求和科室經濟管理。
六、手術室和供應室實行一體化管理
此管理有利于潔凈層流手術室的凈化，減少感染。手術間、供應室的污染區、無菌區各設一條通道(直通升降機)連接手術間和供應室。對手術室有限空間內器械進行清洗、消毒、滅菌，準備手術包扎，不符合消毒隔離要求。手術用敷料在手術室和供應室一體化操作后，直接送到供應室中心輸液室輸液包包裝，手術器械由污染區送到供應室清洗包裝。使用該方法，可避免無菌包在運輸過程中受到污染，也可避免手術室空氣污染。
對潔凈層流手術室各環節加強科學合理的管理和控制，可以降低手術感染率，有效控制醫院感染的發生。并通過監測，督促各級人員嚴格執行各項規章制度，才能有效減少間接感染途徑，使層流潔凈手術室的感染控制和管理走上科學管理的軌道。