1、溫濕度
冬季18-24℃，夏季25-28℃，濕度40-70%。
2、空氣過濾及氣流組織要求
新風經熱濕處理及三級(初效+中效+高效/亞高效)過濾后送入室內;各房間排風口單獨設置高效或亞高效過濾器。
當房間無工藝設備排風時，可通過換氣次數(工藝操作間換氣次數為12~15次/h，緩沖間6~8次/h)計算得出房間送風量，然后根據縫隙法得出房間排風量;當房間有工藝設備(如生物安全柜)排風時，比較設備排風量與滿足換氣次數所需送風量，取兩者之間的較大值(一般情況下，設備排風量較大)，然后可根據縫隙法得出房間送風量。根據以上計算風量為設計依據，由此可對新風機組、排風機組及附屬的風管風口進行選型和計算。
氣流組織上，PCR實驗室空調系統通常采用上送下排式的非單向流送風方式。房間上部送風口盡量均勻布置，且與生物安全柜操作面或其他有氣溶膠操作地點的正上方保持一定距離;房間下部利用室內排風夾道上設置的排風口排風，排風口底部距地面0.1m，排風夾道需設置于室內被污染風險最高的區域，排風口前面不應有障礙物遮擋。
3、壓力控制
在空調系統各房間送風支管上設置壓力無關型定風量閥，無工藝設備排風房間的排風支管上設置壓力無關型定風量閥，從而恒定房間的風量以控制房間壓力;在有工藝設備排風房間的排風支管上設變風量閥，根據房間內壓差動作，以控制房間壓力。需排風的工藝設備(如生物安全柜)排風支管上設變風量閥，根據設備開啟度調節設備排風量。