凈化車間的施工要求極為嚴格，即便再嚴格，也會有很多小問題出現，對于影響凈化車間的因素我們總結出了四點：
外部依附于的微生物菌種，房屋表面，包含外界設備，以及器皿內外都可能滋長微生物菌種。因而，在制取前，需對藥物制取設備進行清潔工作。
針對身體肌膚的基礎代謝，衣著上墜落的化學纖維，棉絨，頭發這些都可能導致凈化車間內部空氣受到污染，在進到試驗室前，需對自身清理及專業的服飾配搭。
空氣中有很多微生物菌種和病菌，在空氣中，環境污染來源人，及尾氣排放，工業污染，針對凈化車間而言，氣體中含有危害成分無法完全避免。
在凈化車間施工建設中，水非常普遍，針對微生物菌種在純凈水中的生長發育有難度系數，即便經過非常嚴格的過濾或清潔后，其中依然存有可溶成份，該類微生物菌種就會為此得到滋生。