1）.嚴格凈化
各手術室空氣凈化系統在手術室墻面四角、凈化機組、天花板、走廊、新風機、排風機都設有不同級別的過濾器，并對其進行定期清潔、維修和更換，嚴格保證室內空氣的無菌；另外，層流手術室的衛生管理工作除了日常清潔工作和過去一樣，不能有絲毫放松，還對室內的清潔工作有特殊的要求，室內墻角全部為弧形結構設計，找不到任何一個90°的墻角，使細菌無處藏身，避免了清除不盡的死角，并且室內無須使用物理或化學方法進行消毒，這樣既節省勞動又防止外來污染的進入。
2).正壓通氣
層流手術室不僅要求高度潔凈的空氣（進入手術室的空氣首先須經過濾器凈化），而且要求能控制氣流的流通方向（即采用層流超凈裝置），手術室內形成正壓環境，使氣流從潔凈度高的手術區域流向潔凈度低的區域，一股細小、薄層的氣流，以均勻的流速向同一方向輸送，并帶走和排出氣流中的塵埃顆粒（塵粒）和細菌。目前，層流手術室分為垂直層流式和水平層流式兩種。垂直層流式（Supply air ceiling for operating theatre）過濾器裝在手術病床的正上方，氣流垂直吹送，回風口設在墻面的四角，確保手術臺潔凈度達標，一般多采用垂直層流式效果較好。廣州現代醫院正是采用的這種垂直的層流式，在手術室內的頂部還設置了一個吊塔式的負壓吸引系統，將醫生在手術時呼出的空氣吸出塔外，進一步保證手術室的潔凈和無菌，降低手術的感染率。
3).單通道流向
醫院在層流手術室與消毒柜之間制作了一堵墻，并設立進、出單通道，需消毒的物品經過“輸出”通道直接從手術室轉移到消毒柜，消毒后經過“輸入”通道轉移到手術室，這樣避免了消毒物品在轉移的過程中二次污染。
層流手術室的日常維護管理
手術室日常的管理：每天用稀釋的洗潔精拖凈地板，擦洗墻面、通風道、回風口及其他物品表面，每周用含氯消毒水拖凈地板、擦洗墻面、通風道、回風口及其他物品表面(有效氯濃度500mg/L)。初級過濾網每月更換，中級過濾網每季更換，過濾網每半年請人員對送風量、噪音、室內正壓檢測1次，定期對凈化系統的設備設施進行維修保養，根據手術量及人流情況1～2年更換1次。
定期監測：每月對手術室空氣、手術人員的手、物體表面進行1次細菌培養。以保證達到規定的空氣中細菌總數≤10cfu/m3的環境要求；物體表面細菌總數達到≤5cfu/cm2
*cfu是指平均菌數
醫院層流手術室建設合理規劃
隨著現代醫療水平的提高，層流手術室在中小醫院普及率越來越高；根據小編收據相關數據顯示，在醫院建設中部分醫院在層流手術室的規劃方面欠缺經驗，在控制建設成本的同時把手術室這一重要科室建設淡化了，導致竣工后驗收流程不合格、使用材料不達標、凈化等級不對稱等一系列問題；反而還為后續改造增加施工難度，造成相應經濟、人力資源損失。