1、正確使用層流間：手術床在擺設過程中應盡量靠近層流天花網適當處，所有的操作步驟需盡可能靠近層流天花網對應處，防止回風口出現無菌包。感染手術盡量安排在設有負壓層流手術間，遇特殊手術進行特殊消毒。在手術操作時要按照三通道線路執行下去：醫務人員出入口、患者出入口、污物出口是層流手術室設計的出入線路。
2、保持清潔效果：采用手術室凈化空調系統應該持續使用24 h，培養空氣細菌合格次數打2次后投入使用。手術前半小時將層流空調系統打開，接臺手術需相隔15 min，保證空調系統持續運轉。在手術前期要采用500 mg/L的含氯消毒液濕式將有關器材的血跡灰塵清理干凈。對于初效、中效過濾器更換周期為6個月/次，過濾器1～2年/1次。回風口1周/1次，這樣才能保證使用器材的清潔效果。
3、設備保護：在手術前期通常要將室內的溫度控制在一個非恒定值，并且保證空調24 h運行，或者按照自身的情況于手術前半小時將其打開。1周清洗初效過濾網1次，出風口1次，避免出現污染。中效、過濾網的更換需按照空氣培養情況進行。
在實施手術室凈化后要注意整體能源的消耗，運用優化途徑來節約好能源的使用。加強層流手術間的管理，主要取決與手術全過程全方位的護理質控。手術室凈化只是一種手段，無菌程度才是各類手術連續運行的保障，加強手術室凈化的管理強化無菌觀念仍是手術室工作重中之重，只有將兩者緊密結合起來才能獲得良好的社會效益和經濟效益。