清潔區
清潔區有分為辦公室、休息室、培育基配制室與試劑儲藏室。這個區域內不行帶細菌查驗標本進入。
操作區
1、微生物試驗室操作區要注意潔凈度，防止交叉污染，操作區要單獨分開。在進入試驗室內時要換鞋，送標本人員不得進入操作區，操作區地面要用專用的清潔東西整理，至少，每天拖1次地，消毒1次，在進入試驗室或出操作區的時分要先紫外線照耀30-60min。
2、注意光線的問題，在培育細小及血清試驗凝聚顆粒時，都需求滿意的光線，操作區除了慣例的照明外，還能夠裝置一個操作臺燈，方便觀察試驗室的準確度。
3、試驗要在生物安全柜中操作，既確保了環境不受污染，也保證了工作人員的安全。
4、因為無菌操作的要求，試驗過程中常常使用酒精燈，因此，微生物學試驗室不能裝置吊扇。為了到達試驗所需的適合溫度，尤其是滿意某些儀器對溫度濕度的要求，試驗室應裝置空調。
5、依據儀器設備要求，必要時裝備不間斷電源。
6、操作區內須設置水源。用于標本處理(如細菌染色) 的水槽與工作人員洗手用的水槽不能混用。
7、污染物處理：操作區須備有消毒缸，以處理沾有活菌的玻片等污染物品。查驗剩余的標本及使用過的帶菌平板、試管均須集中地點安全放置，經消毒滅菌處理后再洗刷或丟棄。
無菌區
1、無菌室應完全關閉，進出無菌室至少要經兩道門，中間隔有緩沖間，無菌室與外間設置一個可開閉的窗口，用于傳遞用具。
2、無菌室必須保持整潔。工作人員進入無菌室應換專用鞋、專用衣。無菌室使用前須用紫外線消毒30 min ，操作完畢后清潔臺面，再用紫外線消毒30 min 。定時用乳酸或甲醛熏蒸，徹底消毒。
3、無菌室僅用于培育基分裝等無菌操作，不能進行有菌標本的操作。操作人員操作時應嚴格關門，并戴好專用的口罩、帽子。
4、無菌室內應有空氣過濾裝置，并裝置空調。