凈化車間的維護和管理必須要通過正確的方法進行測量，對無塵室的技術參數進行評估，與此同時要完善無塵室的生產設備和操作人員還有就是生產材料的管理和操作方法。而主要的就是檢測無塵室的潔凈度，和保持高效過濾器的效率，防止塵埃進入無塵室，維護車間的正壓，還有就是車間和凈化設備的清掃。
第一是無塵室的潔凈度的檢測，一般都是3到6個月檢查一次，而無塵室最主要的就是不讓灰塵進入到無塵室內部，不讓塵埃對生產設備有不良的影響，也盡量不讓塵埃殘留下來，在凈化工程的過程中，主要管理的就是設備，人員，還有材料。三者不能將灰塵帶入到無塵室內部，設備和人員不能產生任何的灰塵，設備和材料不能有灰塵的殘留。而過程當中，要保持無塵室的正壓和過濾器的效率，注意人員進出無塵室或者無菌車間的的穿著要潔凈;
第二就是高效過濾器的管理方面，要保持車內的正壓，因為，只要無塵室內的正壓降低，相鄰的房間的正壓值就大于無塵室內的正壓值，這樣，塵埃就會進入無塵室或者無菌車間。這樣就會影響到無塵室和無菌車間的潔凈度，還有就是員工在車間內進行步行的時候，步行速度也會影響到車間潔凈度的問題，所以速度不能太快，還有就是走路的幅度也不能太大，一切人員會引起灰塵的動作都要盡量避免或者盡量減少，這樣就減少對無塵室或者車間的污染。在車間內，推車運送貨物時，運貨速度不要太快，因為地面比較光滑，避免車子慣性大，剎車不住，會碰撞人員或墻壁。
第三就是清掃地板，設備等一些設施的時候，要用真空吸塵器或者結晶吸塵器進行除塵，地板每月都要用洗潔劑擦洗。凈化車間內不能用普通吸塵器，因為吸塵器吹出來的氣體的含塵量是相當大的，對車間的凈化沒有幫助，反而是造成更大的污染。而清潔工具不能用拖把拖地，因為帶不走灰塵，反而會是灰塵集中在一起。用無塵紙擦墻板和設備一般情況下，都是用酒精或丙酮擦洗，丙酮、酒精一旦揮發掉，無塵布也沒有清洗，灰塵還是留在原處。所以，我們建議用毛巾與清水，進行逐一擦洗，毛巾擦洗面積不要太大(一般1~2m2清洗一次)，毛巾要經常清洗，水要勤換，這樣才能把車間內的灰塵清洗干凈。
第四就是工作人員進入到無塵室的穿著管理，在工作人員進入到無塵室或者無菌車間的時候，不能帶進平時生活中的物品。也就是容易帶入塵埃的物品。手機要關機放在口袋中，因為使用手機的過程中也會產生很多的灰塵。
第五就是在無塵室或者凈化車間中，凈化工作臺和傳遞箱的使用，傳遞窗在使用過程中兩邊的門嚴禁同時打開，因為使用傳遞窗的凈化車間等級不一樣，兩邊的靜壓差也不一樣，為了保證車間的潔凈度，所以必須保證車間兩邊靜壓差。潔凈工作臺在生產使用過程中，一定要將潔凈工作臺的風機打開，不然就沒起到作用，就會對產品質量造成很大的影響。