手術室凈化工程的系統性是非常強的，這個工程當中的每一個環節和步驟，都必須要跟甲方進行緊密的配合，這樣才可以建設好這項凈化工程。手術室凈化主要是通過空氣的“過濾”、“層流”以及室內的“正壓”狀態來維持的，所以康德萊凈化覺得它不僅僅是醫院凈化的核心工程，同時是醫院的形象工程，更是半永久性的基礎建設工程，因此，手術室凈化的設計與施工要求很高。
1、手術室的布局：
從當下的大環境來看，手術室凈化所采用的設計一般可以分為下列這幾種類型：中央環島型、雙通道型、單通道型、單元型。出于便于管理的考慮，建議可建成雙通道型。
2、輔助用房與設施：
手術室凈化在設計上的要求相對來說還是比較多的，比如：分區明確，潔污分明，人流、物流與污物流通道合理，輔助用房完善，功能與設施先進完備，且具有前瞻性。百級層流手術室應具備清洗、打包、消毒、滅菌、一次性物品的存放、麻醉準備、無菌器械、無菌敷料、醫護人員的更衣、洗手，患者的換床、蘇醒、家屬等待、洽談室等輔助用房與設施。
3、手術室面積：
在手術室凈化的設計過程中，通常都有三個需要考慮的問題：第一是面積，第二是間數，第三是無影燈的選擇，這當中*重要的問題是面積。好多地方的醫院在20㎡或30㎡的這樣一個面積里面也可以設計出一個手術部，但是建好以后吊塔很容易撞墻。根據我們自己的使用經驗來看，潔凈手術部的面積在45㎡以上比較好，60㎡～80㎡比較合適。
4、手術室間數
提到百級潔凈手術室的間數，在通常的情況下，都是1：25的比例，也就是手術室的1張床和外科的25張病床進行配比。按照這樣一個比例，根據醫院的床位去設計手術床到底有多少張，這就要有發展的眼光，因為現在手術的難度、復雜程度都在增加。要考慮今后10年、15年甚至是20年的發展需要，所以，要預留更多的床位以備將來。
凈化工程的設計施工圖紙當中，常常沒有考慮到很多細節，所以往往就會導致在建筑當中，圖紙和實際有差別。康德萊凈化建議手術間與各輔助房的顏色要搭配，生活區與休息區的顏色要搭配。