一個凈化工程需要根據實際生產流程設置相應的功能性房間，考慮人流、物流走向以及各種作業效率。在平面設計初步斷定基礎上，再決定潔凈區與非潔凈區，潔凈區的潔凈等級。再判斷相應換氣次數或截面風速。安裝送回風口，規劃潔凈送風機組(大小，方位，風機空調選型等)，規劃送回新風管道等。
在凈化工程工程中，一般包括無塵區、準無塵區、輔佐區三部分。對于凈化工程的平面安置，可以有以下幾種方法：
外廊盤繞式：外廊能夠有窗和無窗，兼作觀賞和放置設備的作用，很多在外廊內設置直勤采暖。外窗可以采用雙層密封窗。
內廊式：將凈化工程設置在外圍，走廊設在內部，這種走廊的無塵度等級一般要求極高，乃至和無塵車間同級。
兩頭式：無塵區設在一邊，另一邊設準無塵和輔佐用房。
中心式：為節省用地、縮短管線，可以將無塵區作為中心，上下左右被各種輔佐用房和蔭蔽管道的空間包圍，這種凈化工程方式可以完全避開室外氣候對無塵區產生的影響，削減冷熱能耗，利于節能。