凈化空調機房的面積不足或位置不合理的問題在很多ICU凈化工程中都出現過，有的項目的設備機房面積過小，導致后期布置凈化機組較困難，出現機組空間不夠或勉強放下機組卻沒有空間檢修的情況。
也有的項目未設置專用的機房，將設備布置在吊頂中，這對于普通空調來說問題不大，但凈化空調維護的地方較多，僅過濾器一項就需經常更換，這樣做給后期的設備維護帶來了相當大的不便。
因此，大型的手術部凈化設備較多，應設置專用的設備層，設備層宜設置在手術部上方，也有的項目將設備層設置在手術部下方，ICU凈化工程中，這樣做的優點是減少了機組振動噪聲對ICU病房的影響，但由于各風系統管道需要從下方穿到ICU凈化工程吊頂，占用了ICU凈化工程較多的建筑面積，也不建議采用。
其次，設備機房與ICU病房不應間隔過遠，有的項目設備機房沒有設置在手術部正上方，而是設置在了相鄰樓的裙房中，這樣做不僅增大了風管的長度，增加了漏風量，也增大了系統的阻力，需設置較大壓頭的風機，增大了系統能耗，所以，ICU凈化工程的前期應與建筑專業協調，方案設計時就確定好設備機房的位置。
各設備的布置宜整齊劃一，不應橫豎混亂布置，否則會使本來就狹小的空間更顯凌亂。其次，ICU凈化工程中，機組的檢修側、水管接管方向、強電自控箱的位置應設置在檢修通道一側，以便于檢修。
當空氣中的濕度過低時，干燥的空氣容易使人身體內的水分散失較快，導致皮膚干燥，易引起上呼吸道粘膜感染，患上感冒。
根據相關文件，科學研究表明，當空氣濕度高于65％或低于38％時，細菌繁殖最快。當相對濕度在45%～55%時，病菌死亡較快。因此，ICU凈化工程中，夏季濕度高時需除濕，在冬季濕度過低時，應在凈化空調系統中設置加濕系統。普通空調中，濕膜加濕由于系統簡單、造價運行管理成本較低而廣泛應用，但由于濕膜加濕器表面有水，很容易滋生細菌，因此不應在醫院凈化空調中應用。
另外，在ICU凈化工程中的空調機房的機組布置問題也需引起注意，凈化機組應根據建筑平面均勻布置，應考慮機房與下層手術部的關系，各機組的距離不應過近，應預留足夠的檢修空間。設備層的整體布局應合理，預留主要的檢修通道，檢修通道寬度宜大于1.5m，高度大于1.8m。