1、工程設計不合理
一般來說，工程設計不合理這個現象很少出現，出現這些個問題的往往是一些小型的對于凈化要求的不太高的項目上。現在做凈化的廠家非常多，競爭也是越來越激烈，有一些建設企業為了中標所以給出的報價非常低，在后期的施工中，利用對方客戶不懂的情況，偷工減料，當然這只是一個方面，另一個方面是設計施工開始后，客戶那邊又增加了新的要求和凈化區域，使原有的設計無法滿足要求。這些先天缺陷難以糾正，應在工程設計階段避免。
2、用低價產品替代產品
在潔凈室過濾器的應用中，國家規定凈化10萬級以上的空氣凈化應采用初、中、過濾器三級過濾。由于連續的大型凈化項目使用亞空氣過濾器代替萬級凈化的空氣過濾器，清潔度較差。更換了過濾器，滿足GMP認證要求。
3、送風管或過濾器密封不嚴
這種現象是由于施工粗糙造成的，表明某些房間或同一系統的某些部分在審批時不符合條件。一種改進的方法是對供氣管采用光泄漏測試法來檢測泄漏并使用過濾器。掃描粒子計數器測試部分、密封粘合劑和安裝框架以定位泄漏并仔細密封。
4、回風管道或回風口設計調試不當
在設計的時候，有的客戶那邊的空間不是太充足，所以就導致上送風側的回風或回風口存在數量上的不足，這就導致車間沒有辦法使用，所以在設計GMP潔凈車間的時候，不管空間大小一定要注意這一點，當然在排斥了設計原因以后，回風口的調試也是很重要的的一個環節。如果調試有問題，回風口阻力過大或者過小，都會導致回風量小于或者大于送風量，那么清潔度是肯定不能達標的。
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