因層流并無消毒、滅菌之功效。它的“無菌”環境主要是通過空氣的“過濾”、“層流”以及室內維持“正壓”狀態來維持的。因此層流手術室須有嚴格的管理，才能達到預期的目的。
布局合理，分區明顯：整個手術室全部為凈化區域，分為內走廊、手術間、洗手間、無菌物品儲存間，貴重儀器放置間；根據手術間的凈化級別分為百級凈化間、千級凈化間、萬級凈化間和十萬級凈化走廊。并嚴格分為三區，即非限制區(如辦公室)、半限制區(如消毒室、石膏室、清創間)、限制區(全為凈化手術間)。
層流手術室內配置要求：室內除常規配置外，如麻醉機、CB機、監護儀，盡量減少對灰塵吸附力大的物品的放置，如木質海面的器具等。
病人專用被也要用同手術衣一樣的棉布包裹起來。各類物品的放置要避開墻壁下方的回風口，以免影響室內的空氣流動。禁止在手術間內抖動衣物布類敷料等，防止微粒在室內飛揚。
