潔凈室污染的zui大威脅來自用戶本身。在醫療和制藥行業，微生物的控制非常重要，特別是可能從皮膚脫落沉積到氣流中的微生物。研究潔凈室微生物區對微生物學家和質量控制人員的評價趨勢具有重要意義，特別是耐藥菌株的篩選.研究清潔消毒方法具有現實意義。
典型的潔凈室菌群主要是與人類皮膚相關的菌群，還有來自環境和水等其他來源的微生物，但數量較少。常見的細菌包括微球菌、葡萄球菌、棒狀桿菌和孢桿菌，真菌包括曲霉和青霉。
注意保持潔凈室清潔有三個主要方面。
1.潔凈室內表面及其內部設備
原則是選材重要，日常清潔消毒更重要。符合要求GMP并達到清潔規范，潔凈室所有表面應光滑、不透氣，不產生自身污染，即無灰塵、頭皮屑、耐腐蝕、易清潔，否則將提供微生物繁殖場所，表面應堅固耐用，不得開裂、破碎或凹陷。有各種各樣的材料可供選擇，包括昂貴的達加德鑲板、玻璃等，zui好和zui美麗的選擇是玻璃。根據各級潔凈室的要求，定期進行清潔和消毒。頻率可在每次操作和使用后每天進行多次、每天、幾天、每周進行清潔和消毒。建議每次操作后清潔和消毒操作臺面.地板每天消毒.墻面每周.每月根據潔凈室等級和設定的標準規范，對空間進行嚴格的清潔消毒，并做好記錄。