由于主觀觀認識的誤解，清潔技術在污染控制過程中的應用不利。zui后，在一些制藥廠投入了大量資金進行改造后，藥品質量沒有得到顯著提高。制藥廠車間凈化工程的設計和施工、廠內設備設施的制造、安裝、生產中使用的原輔材料、包裝材料的質量、人員凈化設施的不利控制程序的執行都會影響產品質量。
影響制藥廠車間凈化工程施工產品質量的原因是過程控制環節存在問題，安裝施工過程中存在隱患，具體表現如下:
①凈化空調系統風管內壁不干凈，連接不緊，漏風率過高；
②彩鋼板圍護結構不嚴密，潔凈室與技術夾層(吊頂)密封措施不當，密封門不密封；
③裝飾型材和工藝管道在潔凈室內形成死角，積塵；
④未按設計要求施工的個別位置，不能滿足相關要求；
⑤密封膠質量不合格，易脫落、變質；
⑥回來，排風彩鋼板夾路相通，粉塵從排風到進入回風管；
⑦內壁焊縫未形成工藝純化水、注射水等不銹鋼衛生管道焊接；
⑧風管止回閥動作失效，空氣回流造成污染；
⑨排水系統安裝質量不合格，管架、附件易積塵；
⑩潔凈室壓差整定不合格，不符合生產工藝要求；