GMP生物制藥潔凈車間的特點同傳統的潔凈車間是存在一定的區別的，傳統的凈化車間注重的是潔凈室內的潔凈度，而在生物制藥中卻不盡要保證空氣中的潔凈度，更要考慮到空氣中懸浮粒子的化學性、物理性、生命性和放射性，這些是無法被從潔凈度檢測中發現。所以生物制藥必須嚴格按照GMP管理體系，如此才能最大限度的消除可能潛在的污染源，提高藥品的成品率。
生物制藥車間的特點在于多個方面的表現：
GMP生物制藥車間相比一般的無塵室，其設備以及生產工藝更為復雜，當然費用也會更高，而且生物制藥不僅對凈化車間的潔凈度和級別有著非常高的要求，同時對空氣中的細菌和顆粒物等污染源的控制有著更高的要求。對潔凈區中的塵埃粒子及微生物污染進行控制的房間，必須具備防止該區域內污染物的引入、產生和滯留的功能。
生物制藥在整個生產流程中是存在潛在的生物危害的，主要表現在感染危險，或者是死細菌、死細胞以及成分代謝對人體可能會產生生物致毒、致敏等生物學反應，所以生物制藥對于的管理體系必須嚴格執行，對于生產人員必須有著明確嚴謹的規范要求，所以對生產人員的素質要求也是有著苛刻的規定。
如此復雜的設計、如此嚴謹的規定，才能保證藥品生產的成品率，生物制藥潔凈廠房對于設計、施工一級內部的設備設施的制造和安裝都有著明確且嚴格的要求，因為不管是生產用到材料、包裝材料的質量以及人凈和物凈設施控制程序都可能會對藥品生產質量產生巨大的影響。