對于大面積、集中和同時使用或噪聲控制和振動控制嚴格清洗窒息，應使用集中凈化空調系統。相反，可以使用分散式空調系統。大型凈化車間還可以結合使用新風處理和分散式凈化空調裝置。當需要滿足潔凈室、正空氣量和排氣量的新風量時，空調系統應充分利用回風。只有在加工過程中產生大量有害物質時，才能使用直流式空調系統，局部處理不能保證衛生要求或損壞其他過程。
潔凈室應在下列條件下單獨設置清潔空調系統：
1.層流潔凈室和湍流潔凈室
2.末端過濾器的不同潔凈室
3.潔凈室和一般空調房
4.運行班次或使用不同時間的潔凈室
5.當潔凈室面積過大或房間過大時，應分為幾個凈化空調系統，方便調整、回風管布置和風量、壓力;
6.生產過程要求空調系統不能一起使用。
通常不建議為空調系統安裝消聲器。應采取其他綜合措施，以滿足潔凈室降噪的要求。當必須使用消聲器時，應使用由不產生灰塵且不易積聚的結構制成的消聲器和良好的吸音材料。
在潔凈室中安裝局部排氣系統應考慮以下幾點：
1.排氣系統不應穿過兩個清潔空調系統;
2.局部排氣系統應采取措施防止空氣回流。中間排放過濾器或止回閥可以安裝在排氣系統上。
3.局部排氣系統應采取降噪措施。設置消聲器時，應將其放在風扇的吸氣部分上。
4.應注意有害物質的排放，使其符合國家規定的排放標準。空調系統中的鼓風機、回風機和排風機應互鎖。聯鎖順序如下：當系統開啟時：首先打開鼓風機，然后將風扇和排風扇驅回：當系統關閉時：首先關閉排氣扇并返回風扇，然后關閉鼓風機。