實驗進行前，無菌室及無菌操作臺以紫外燈照射30-60分鐘滅菌，以70%的酒精擦拭無菌操作抬面，并開啟無菌操作臺風扇運轉10分鐘后，才開始實驗操作。
小心取用無菌之實驗物品，避免造成污染。勿碰觸吸管尖頭部或是容器瓶口，亦不要在打開之容器正上方操作實驗。容器打開后，以手夾住瓶蓋并握住瓶身，傾斜約45°角取用，盡量勿將瓶蓋蓋口朝上放置桌面。
工作人員應注意自身之安全，須穿戴實驗衣及手套后才進行實驗。對于來自人類或是病毒感染之細胞株應特別小心操作，并選擇適當等級之無菌操作臺(至少ClassII)。操作過程中，應避免引起氣溶膠類物質的產生，小心毒性藥品，例如DMSO及TPA等，并避免尖銳針頭之傷害等。接種針每次使用前后，必須通過火焰灼燒滅菌，待冷卻后，方可接種培養物。
無菌操作工作區域應保持清潔及寬敞，必要物品，例如試管架、吸管吸取器或吸管盒等可以暫時放置，其它實驗用品用完即應移出，以利于氣流之流通。實驗用品以70%的酒精擦拭后才帶入無菌操作臺內。實驗操作應在抬面之無菌區域，勿在邊緣的非無菌區域操作。使用無菌瓶內的溶液是，不可將無菌敷料堵塞瓶口傾倒無菌溶液，或直接伸入溶液瓶內蘸取，以免污染剩余的溶液。每次操作過程中，均應做陰性對照，以檢查無菌操作的可靠性。如有菌液灑在桌上或地上，應立即用5%石碳酸溶液或3％的來蘇爾傾覆在被污染處至少30分鐘，再做處理。工作衣帽等受到菌液污染時，應立即脫去，高壓蒸汽滅菌后洗滌。
無菌包內物品不慎污染或無菌包浸濕，外界微生物可滲入包內，造成污染，需重新消毒。凡帶有活菌的物品，必須經消毒后，才能在水龍頭下沖洗，嚴禁污染下水道。吸取菌液時，必須用吸耳球吸取，切勿直接用口接觸吸管。帶有菌液的吸管，試管，培養皿等器皿應浸泡在盛有5%來蘇爾溶液的消毒桶內消毒，24小時后取出沖洗。
戴手套時應注意未戴手套的手不可觸及手套外面，而戴手套的手則不可觸及未戴手套的手或另一手套的里面。戴手套后如發現破裂，應立即更換。脫手套時，須將手套口翻轉膠下，不可用力強拉手套邊緣或手指部分，以免損壞。實驗完畢后，將實驗物品帶出工作臺，以70%的酒精擦拭無菌操作抬面。操作間隔應讓無菌操作臺運轉10分鐘以上后。
總的來說，實驗室裝修不是普通的工裝裝修，有自己特定的標準和規范，無菌室設計裝修有很多細節需要注意，在裝修中必須綜合考慮實驗室整體規劃合理布局。當前無菌室多存在于微生物工廠，一般實驗室則使用超凈臺。超凈臺其主要功能是利用空氣層流裝置排除工作臺面上部包括微生物在內的各種微小塵埃。通過電動裝置使空氣通過過濾器具后進入工作臺面，使臺面始終保持在流動無菌空氣控制之下。而且在接近外部的一方有一道高速流動的氣簾防止外部帶菌空氣進入。隨著實驗室裝修水平的提高，實驗室工作人員對設計的要求越來越高，