PCR實驗室通常采用非單向流送風方式，所謂非單向流，指氣流流線方向不平行，風速也不一致。PCR實驗室一般采用上送下回式。上部送風依靠高效送風口進入房間，下部回風依靠每個房間的對稱分布的排風柱下部的排風口排風。
新風從室外進入處理機組，經過粗效、中效、亞高效、表冷(熱)段、噴淋段(加濕)幾個處理過程，然后進入潔凈室。
排風分為全面換氣與局部排風兩部分，全面排風口一般位于排風柱的下部，設可調帶過濾網的百葉風口，送風口采用高效過濾送風口。局部排風為房間設置Ⅱ級B2型生物安全柜的局部排風，柜面風速要求不小于5m/s，生物安全柜獨立設置排風系統，排風口要求設置在建筑物的屋面上，生物安全柜排風管與所在室內的全面排風互鎖，局部排風與全面排風不能同時開啟。新風機組與排風系統都采用變頻系統，以應對不同變風量處理過程。