潔凈實驗室的建設主要包括:建筑布局和裝修、空氣調節、給排水、氣體供應、電氣設計、集中控制、安防等多方面內容。做好以下幾點對后期試驗運營有很大幫助。
1.建筑布局和裝修方案:是潔凈實驗室安全運行的基礎。由于微生物病菌的危險性,防止危險性微生物向外界擴散,同時避免微生物受外界污染,影響實驗結果的準確性,必須采取合理的布局和裝修方案。
實驗室布局可以分成清潔區、半污染區和污染區,采用人與物分別設置專用通道,設置必要的緩中間,采用一次隔離和二次隔離等措施,能有效的避免交叉污染,從根本上防止危險性微生物的擴散;裝修施工采用可靠的材料,保證潔凈實驗室始終處于相對密封的環境,防止微生物的外逸,易于實驗室的清潔消毒,同時避免外部對實驗室環境的破壞。
2.空氣調節系統:是潔凈實驗室安全運行的關鍵。由于潔凈實驗室內操作對象是危險性的微生物,必須通過采用合理的空氣調節系統,保持實驗室的相對負壓,以保證實驗室內危險性微生物不向外擴散。空氣調節系統必須可靠運行,為實驗人員提供所需要的溫度和濕度,保障實驗在安全的條件下進行,確保實驗準確性。同時還必須控制實驗室的潔凈度,對新風進行過濾,使實驗室達到一定的凈化要求。做好排風系統是重點,對于保證實驗室相對負壓環境，有效過濾室內污染。
3.控制系統:是潔凈實驗室安全運行的神經中樞。出于嚴格控制污染的原則,利用最少的維護人員,運用有限的管理手段,保證實驗室運行過程中始終處于相對負壓環境,防止危險性微生物外泄。
4.運營維護：保障實驗室長期安全運行，有效管理高效過濾器的更換等,都會對實驗室的安全性產生影，因此,使用中的定期檢測與同樣重要。