在潔凈車間的調試與測試中，系統運行多久才能達到穩定，什么時候開始測試或調試是困擾專業工程師的難題，在具體操作中，一般都視房間規模、性質和用途憑經驗判定。而一旦過早進入調試現場，房間內的各項參數還未達到穩定。
因此，測試數據將偏離設計值。如果進入調試現場的時間過晚，將會增加潔凈車間系統不必要的運行時間，導致了能耗的浪費。而借助仿真軟件的非穩態模擬，此類問題也可得到有效解決。
1.凈化風管安裝的特殊工藝
根據潔凈等級的不同，分為N1~N9級，其中N1級要求最高，N9級要求最低，高潔凈度空間一般適用于有特殊要求（如傳染病）潔凈車間、部分電子生產車間、以及部分無菌實驗室等功能建筑中，其余為普通潔凈室。而影響潔凈空間潔凈度的關鍵因素之一為空間內的氣流組織，因此，作為氣流流通的媒介，風管的制作工藝也應根據不同等級的潔凈空間需要而作一定區分。
2.高潔凈度空間的風管
對于潔凈車間的高潔凈度空間的風道，應在面板進入現場后提前進行清潔過程（低清潔空間的風道可在面板形成后進行清潔）。此外，預制場地應為環氧地坪（低潔凈度風管制作場地一般為平整地面上鋪潔凈橡膠板即可）。風管制作區的四周應采用塑料簾幕以遮擋灰塵。潔凈車間運行過程中，場地內應確保2至5名工人，專門負責不間斷的場地清洗和監督。而對于高潔凈區風管的制作和安裝，規定男性不得蓄須，女性不得化妝；避免工人在操作區域奔跑和進食；控制焊接作業，以防人體灰塵對管道造成污染。
需要注意的是，由于一些潔凈車間施工管理人員對相關標準不熟悉，因此一些國產清潔工程風管采用了內部加固的方法。這與國家標準相違背從而導致工程無法順利驗收，而國外的標準則對此做法采取默認的態度。由于潔凈車間中潔凈風管的嚴密性較其他工程高，因此風管合縫應采用密封膠、橡膠板和密封墊相結合的形式。
3.潔凈空間氣流組織仿真技術
潔凈車間中氣流的合理流動方向有助于控制污染物的擴散，作為經驗豐富的大型機電承包商，在施工初期必須使用仿真軟件，對凈化工程內具有代表性的區域進行通風效果的仿真模擬，除了可以校核區域壓差和設計壓力外，通過發現可能出現的潔凈車間內渦流區域為調試提供依據，以便于后期室內形成更為理想的氣流場。