在將空調單元放置在潔凈車間之前，應清潔基礎表面，在基礎上繪制中心線，并標出減震器的位置，最后吊裝空調機組并找平、找正。安裝空調機組前應注意保持機組本身和安裝現場的清潔，做到現場和機組無灰塵、無污物，安裝后還需再次清潔。
1.空調機組安裝
在安裝空調機組之前，要做好潔凈車間施工的準備，并根據設計圖紙和安裝規定制定相應的施工計劃，并向施工人員進行技術說明，以相關建筑物為參照，按施工圖確定安裝的基準線。表冷器冷凝水接盤排水管上須設水封裝置，防止外部污物倒灌進入空調箱內；過濾器與空調箱框架之間縫隙應嚴密，同時也要便于拆卸。
2.凈化空調調試
在潔凈車間的空調設備聯動測試操作之前，必須分別測試風扇，水泵，冷卻塔，冷卻器和其他設備，試車前認真細致、檢查主回路、接地等線路，達到接線正確、供電可靠、控制靈敏，確保其各項性能指標符合相關標準，方可進行設備試運轉。
2.1空吹
在安裝無塵車間和清潔空調系統并達到清潔要求后，清潔空調系統必須連續運行12-24小時，而無需安裝高效過濾器，空吹開始后嚴禁無關人員進入潔凈區域，必須進入潔凈車間的人員要有相應的潔凈防護措施。
2.2二次清潔
空吹試運轉結束后需對潔凈車間的空調系統及潔凈車間再次進行清潔，這時候一般請專業的保潔公司進行清潔。
2.3高效過濾器安裝
二次清潔工作結束后，應立即安裝高效空氣過濾器。在安裝潔凈車間的高效過濾器之前，請檢查各種尺寸是否滿足設計要求，各項技術性能指標是否滿足與空調箱匹配，是否滿足系統要求等。仔細檢查潔凈車間的過濾器的框架、濾材、密封膠等有無損傷；框架有無毛刺和銹斑（金屬框）；檢查產品合格證是否齊全；上述工作完成后方可進行高效過濾器的安裝，安裝過程中要注意保持清潔。
3.制冷管道安裝
在安裝制冷管道和配件之前，請確保管道的內壁和外壁干燥，并保持內外管道不生銹，管道支架的安裝應符合各潔凈車間的設備之間管道連接后的坡向坡度符合設計要求。管道系統安裝結束后需要對其進行吹掃，吹掃時要選用潔凈干燥的氣體，用白布檢測出口氣體無污物時為合格。
清洗凈化工程中的管道系統后，應對所有焊縫和閥門涂抹肥皂水以進行氣密性測試。穩壓24小時后壓降（溫度影響除外）在規范允許范圍內為合格。