當前，隨著企業對凈化工程的需求越來越高。為了滿足大家的需求，凈化工程施工單位加大了PCR實驗室凈化建設力度。而在PCR實驗室凈化建設過程中，易于受到不同因素的影響，進而影響到PCR實驗室凈化的質量和效益。
一、質量管理問題
（1）構建完善的PCR實驗室凈化管理制度。在PCR實驗室凈化施工過程中，時常存在許多的質量通病及突發情況，一旦出現問題，各個參與單位相互推諉的責任，包括施工單位、建設單位、監理單位等，這是由于他們未能確定好各自在項目中的職責范圍，且在施工合同中，未能對各自的義務進行約束，導致整個工程管理工作出現松散現狀，從而導致工程質量和及安全問題的發生，且由于不能及時采取處理措施，工程質量問題得不到及時解決，進而影響到整個工程進度。
（2）嚴格把好材料質量控制關。
在PCR實驗室凈化施工前，首先要進行工程招投標工作，在實際工作當中，部分承包商獲取項目以后，為了節約費用，獲取更多的利益，在采購材料時，有些采購人員未能按照材料設計要求（包括品種、規格、技術要求）來優選施工材料 ；與此同時，部分采購在材料采購工作中存在收取回扣的行為，選擇劣質的施工材料，這也是引發PCR實驗室凈化施工質量的原因之一。另外，部分管理企業在工程質量管理過程中，仍未能建立完善的管理機制，允許劣質的材料進入現場和使用，從而給工程施工質量和安全埋下一定的隱患。
（3）施工技術存在的問題。在PCR實驗室凈化施工前，為了確保施工質量，首先要對施工材料進行試驗，例如在鋼筋混凝土試驗時，應做好鋼筋抗壓和抗彎試驗，以保證鋼筋的質量。在混凝土工程施工前，要對混凝土材料（如水泥、骨料）進行試驗檢測，在混凝土攪拌時，要加強計量控制。對于PCR實驗室凈化施工中存在的不良地基，要按照相關規范進行注漿和水灰比試驗。而在實際施工過程中，部分施工企業未能按照以上要求進行施工。
二、安全控制問題
（1）施工人員缺乏一定的安全意識。首先，在施工作業中，有些施工企業和人員未能認識到安全施工的重要性，提升自身的施工安全方面的認識 ；其次，在施工過程中，有些人員不合理使用施工機械設備，未能相關規范進行施工 ；最后，管理人員作為安全管理的主體，在施工中缺乏安全管理意識，這些問題是引發施工安全事故的主要因素。