凈實驗室排風涉及實驗人員的安全性和舒適性，必須嚴格控制好排風效果、噪聲和節能等因素。通常，為避免實驗室內產生的毒害氣體交叉污染，實驗室氣流方向應從低危險區域向高危險區域流動，氣流設計應從辦公區域，廊道，以及其他輔助區域流入實驗室，保持實驗室內的適當負壓，確保實驗室內的氣流不外泄到走廊，為保證效果必須采用VAV變風量排風系統。同時，需采取有效的變風量補風措施，并保持實驗室內的適當負壓，且補風不能影響室內溫度。這些與普通的辦公室暖通空調要求相差很大。
潔凈實驗室主要目的是保護實驗人員的安全，防止感染細菌和病毒，保護實驗樣品的安全，防止污染，確保實驗結果的準確性。其建設要點包括：工藝布局合理，根據需要設置更衣、風淋和緩沖間，做到人、物、污物流三流清晰，避免交叉感染；裝飾材料應易于清潔消毒、耐腐蝕、不起塵、不開裂、光滑防水，相交位置做圓弧處理，無縫對接；空調凈化系統的劃分應有利于實驗室的消毒滅菌、自動控制系統的設置和節能運行；采用潔凈空調系統，設粗、中、高三級空氣過濾器，排風與送風連鎖；氣流有序，由清潔區向半污染區和污染區流動。
潔凈實驗室供氣系統雖然投資份額相對較小，但對實驗環境的安全性有重要影響。首先，氣瓶間必須采取的專業的通風、防爆措施；其次，氣路系統要有泄露報警、緊急切斷和強排風等裝置；第三，為了保證氣體純度和氣壓的穩定性，必須進行多級減壓供氣，設置氣路吹掃、排空等設施。
潔凈實驗室各專業建設相互交錯、穿插進行，裝修、水電、排風、補風、空調、供氣等專業必須周密設計，統籌安排，精心施工，才能保證施工進度和質量。此外，實驗室恒溫恒濕、純水、弱電等專業也有其特殊要求。
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