凈化車間是一個有機的整體，而我們要清除的是肉眼無法看到的塵埃、細菌，所利用的“工具”是抓不住的、無形的氣流，往往一個小小的細節不到位，便可能導致潔凈度不達標。建設凈化車間工程相對簡單，但在施工時也有許多的注意事項。
1、制定施工程序表。有先后的順序，杜絕那部分材料先到就先施工那部分的極端錯誤做法，避免污染。允許同時施工的各部分要注意彼此間的銜接關系，必要時應繪制施工二次設計圖。
2、高效過濾器的安裝。安裝高效過濾器之前，應徹底做好清潔工作，凈化送、回風系統連接試運行24小時后，再次清潔潔凈室后，立即安裝高效過濾器。
3、潔凈送、回風系統風管的施工。風管內表面必須平整光滑，風管安裝之后、保溫之前應進行漏風檢查。風管與部件支、吊架的預埋件、射釘或膨脹螺栓的位置應正確，牢固可靠，埋入部分應去除油污，并不得涂漆。
4、做好潔凈車間的密封工作。凈化車間的氣流要有序流動，按照設計者的意圖流動，不該漏的地方絕對不能漏。很多人認為凈化車間為了平衡新風，要排掉一部分室內的空氣，漏一點也無所謂，這種觀點是不可取的。
5、設置專用倉儲間。所有材料和設備說明書和合格證均應妥善保管，以便凈化車間竣工驗收后將資料完整的移交給用戶。設備和材料到達施工現場時，應嚴格檢查，各種過程器開箱檢查后應重新封存。
6、其他事項。凈化車間施工前對原有的建筑進行徹底的清掃和修補工作，對原有的門窗要做好密封工作。凈化車間超純水和超純氣系統的安裝必須請有資質的專業人員進行。
凈化車間的原理相同，而具體到每一個工程，又必須根據實際情況有針對的設計、施工、驗收。
