醫院系統的潔凈室最先用于手術室，也就是我們現在所說的醫院手術室凈化工程。開始它只是在矯形手術中獲得廣泛應用,因為矯形手術時間較長，易于引起感染。控制水平較理想的是使用手術臺附近的空氣潔凈度達到100級。一般建議使用頂部高效空氣過濾系統，它能覆蓋至少3m×3m的面積,從而將手術臺和人包括在內。
醫院應用潔凈環境最廣泛的潔凈手術室，是用空氣潔凈技術取代傳統的紫外線等手段對全過程實行污染控制的現代手術室。在潔凈手術室內，患者感染率可降低10倍以上，從而可以少用或不用會傷害患者免疫系統的抗生素。既要無塵又要無菌是潔凈手術室的特點。醫院潔凈室包括手術室、產科、嬰幼兒病房(NICU)、ICU(重癥監護室)、燒傷病房及解剖室、凈化實驗室、人工透析室、標本室等，其工程質量與醫療質量有著直接而重要的關系。
醫療潔凈室獲得應用的其它領域有分娩室、保育室、燒傷室、心臟病人護理單元等。最新進展之一是牙外科手術潔凈室的應用，它降低了在長期手術過程中醫務人員被感染的危險。潔凈室作為醫院重要的功能分區之一，其工程質量直接影響到醫院的使用和對患者的治療。要提高醫院潔凈室的工程質量，必須從設計、施工和維護三方面同時重視。
一、設計
我國《潔凈室施工及驗收規范》(以下簡稱“規范”)強調，新風必須遵循三級過濾的原則。這是因為和空調系統相比，凈化系統新風的塵濃負荷比高達90%以上，因此，為了運行質量必須強調新風三級過濾。現在醫院潔凈手術部的標準和規范中都已將此作為規定。另外，回風必須有過濾器，能放中效最好。設計人員只有準確理解了“規范”的要求，才能使潔凈室最大程度地滿足醫院的功能要求。
設計人員要確保潔凈室工程質量，還必須對醫院潔凈室施工現場做認真地調研、考察，否則設計出來的潔凈室工程質量就會大打折扣。如在對某醫院潔凈室做含塵濃度檢測時，突然發現塵濃普遍急劇上升，超標嚴重。工程人員首先想到的是過濾器風口漏，經檢查，雖然發現確實有漏，但和檢測出的塵濃數量不相當。根據經驗判斷，這是新風口設計不當，由于設在5層樓頂上向下的新風口，其下方正好有一垃圾站，而該垃圾站有定期燒垃圾的習慣，大量濃塵正是來自新風口下方冒出的濃煙。
這樣的新風口位置，必然產生危及室內潔凈度的結果，無論后期施工質量如何，其潔凈室的工程質量也很難達到要求，實際上這與“規范”中要求的新建潔凈手術室應遠離污染源的總體要求是相違背的。設計是潔凈室工程質量基礎，醫院手術室凈化工程的設計絕不是閉門造車，需要不斷解決問題以滿足潔凈室工程質量要求，故設計是潔凈室工程質量的第一道保障。
二、施工
潔凈室施工質量控制可以分為3個階段：即準備階段、施工階段和驗收階段。
(一)準備階段質量控制要點
1、認真做好圖紙會審和技術交底
充分領會設計意圖，做好圖紙會審和技術交底工作是保障潔凈室施工質量的重要技術環節，發現解決在施工中難以操作的技術難題，為保證潔凈室施工質量打下堅實的基礎。施工中會出現各種矛盾，需要施工方與設計、建設方合作，在保證潔凈室施工質量的前提下進行合理變更。如在對某潔凈室改擴建工程檢查中發現，原設計的風管尺寸在主體大樓樓層高度受限制的吊頂層內根本無法施工，后經施工方與設計人員和建設方的協調，在不影響工程質量的前提下，將風管尺寸從方形變為扁形，既滿足了風量要求，又保證了施工吊頂高度的要求。
2、嚴格控制材料設備質量
潔凈室材料設備主要有各類裝飾材料和空調設備材料。對裝飾材料應嚴格按國家有關工程技術標準、施工質量驗收規范和設計文件的要求進行檢驗和驗證。潔凈室應使用不產塵、不積塵、耐腐蝕、防潮防霉和容易清潔并具有防火功能的材料，不能使用木材和石膏板作表面裝飾材料。空調保溫材料也必須符合國家有關規定達到耐腐蝕、不產塵、不附著灰塵和防火等要求。
(二)工程質量控制要點
1、選擇經過專業培訓的施工隊伍
潔凈室施工涉及裝飾、暖通、電氣和醫用氣體等專業，施工人員須對潔凈室施工規范、施工工藝、施工質量有全面認識，否則，施工質量很難得到保障。
2、潔凈室內密封控制重點
潔凈室內密封控制重點內容是圍護結構密封施工質量，如板材與板材之間應均勻涂密封膠，達到嚴密不漏風;潔凈室內的嵌壁器械柜與墻體之間、壁板上安裝的插座、開關、煙感探測器、照明箱體及醫用燈帶、觀片燈等都需要用密封膠進行密封，且器械柜中的各種管道和箱體之間也都必須采用可靠和有效的密封措施。
3、送回風管道質量控制
送回風系統管道的密封，是為防止不潔凈的空氣進入風管，阻止了風管內受污染的空氣滲透出去，從而可滿足潔凈室內的潔凈度和延長高效過濾器使用時間。施工中應重點控制管道加工、管道施工和設備的安裝質量。管道加工時應著重做好風管設備的清潔和管道加工過程中的密封措施。管道加工時應采用優質鍍鋅鋼板制作，滿足平整、光滑、堅固及耐侵蝕的要求;消聲器內充填的消聲材料應不產塵、不掉渣(纖維)、不吸潮、無污染，不得用松散材料，纖維材料應為氈式材料，外覆可以防止纖維穿透的包材。
不應采用泡沫塑料和離心玻璃棉。風管制作前用中性洗滌劑去油污，制作過程中防止劃傷，制作結束用白綢布揩擦內表面應無任何油污、灰跡為清洗合格。風管管段加工清洗合格后用塑料薄膜保護好風管兩端再運至現場安裝，所有風管配件及設備在安裝前須擦拭干凈，否則不可安裝。管道連接及設備安裝過程中應注意做好密封措施，避免二次污染，由于軟管、軟接頭有滯塵的問題，所以凈化管道和機動設備連接時可用軟接頭，但在管路上不宜使用。
其次，控制二次微生物污染比二次污染更有意義，也更容易被忽視。二次微生物污染含在二次塵污染中，主要含在空調處理裝置中。空調處理裝置在運行時積累的細菌塵粒，在停運期間，高溫高濕的環境和塵粒提供的營養為微生物的繁殖提供了最有利的條件。新繁殖的微生物及其釋放出的有害有味氣體和大量有害代謝物、尸體和碎片——這之中有很大一部分是高效過濾器不能阻擋的，于是就構成了微生物二次污染。
事實告訴我們，軟接頭也是微生物二次污染一個重要來源。這是因為軟接頭通常不保溫，結露就在這里發生。對醫用潔凈室來說，即使是少量軟接頭也必須采取雙層或保溫軟接頭的措施。最后，組合式空調機組所有接縫處都應作密封處理，表冷器凝結水排水管上設水封，以保證空調器密閉不漏風。
(三)驗收階段質量控制要點
凈化空調系統的調試工作是工程驗收階段不可少的一項重要工作。通過調試可以及時發現施工中存在的一些缺陷并及時進行整改和修補，調試對設計圖紙也是一個重要的驗證過程。潔凈室和空調送回風管道應在安裝高效過濾器前達到清潔要求，凈化空調系統必須連續空吹12小時以上，空吹后再對送回風管和空調機組內部進行清掃和擦洗干凈。
工程竣工后，建設單位應組織醫療部門、使用潔凈室的相應科室、設計和施工單位依照工程設計文件和《醫院潔凈手術部建筑技術規范》、《通風與空調工程施工驗收規范》和《潔凈室施工及驗收規范》等有關施工質量驗收規范對潔凈室進行嚴格的質量驗收，并應委托有資質的第三方檢測單位對潔凈室內潔凈度對照設計文件和有關標準規范進行檢測。
三、維護
在保證醫院手術室凈化工程質量的過程中同樣有著舉足輕重的作用。有資料顯示，某醫院潔凈室內工作人員突然暈倒，經查一方面是新風加熱器前沒有有效地過濾，該管路上有關部件已嚴重堵塞，由于沒有維護，以致沒有新風吸入，加上空調箱內一部分風機掉帶，總風量又小，導致潔凈室相對密閉，體質較弱的人處在長期缺氧的室內就會出現暈倒狀況。
再如，某院潔凈手術室某日突然發現某點菌濃大增，只能停止手術待查。結果查出某點上方過濾器有一肉眼可見的漏洞。技術人員相信這一漏洞在此前已經存在。問題出在平時對過濾器根本沒有檢查檢漏的制度，如果經常打開孔板檢查一下，這個問題不難發現。
通過以上論述，我們看到，設計、施工和維護是保證醫院潔凈室工程質量的三位一體，缺一不可。我們只有在設計時保證潔凈室圖紙的功能合理性，在施工中嚴格按照圖紙保證潔凈室的質量過程控制，在平時對潔凈室工程注意定期檢查和維護，才能從全面質量控制的角度保證潔凈室的工程質量。
負壓手術室解決方案
為患有傳染病的患者手術時，應需要在負壓手術室中進行。
建立負壓潔凈手術室，方法：應采取增設排風機等有效手段以調節排風量，使潔凈手術室由正壓變成負壓。結果：在潔凈區域內用空氣負壓差來控制氣流，吸收有害氣體，潔凈室內空氣。結論：使用負壓手術室可以從根本上控制和解決手術室空氣污染問題。
一間負壓手術室通常包括一個通風系統，以便空氣從走廊或者任意相鄰區域流進負壓手術室，同時確保污染的空氣無法從負壓手術室逸出，流入醫院和衛生機構的其它區域。
自然條件下，空氣從高壓帶向低壓帶流動。如果手術室處于負壓狀態，外面的空氣則會不斷從門下面流進房間，同時防止房間內滋生的氣態污染微粒逸出，進入外面的走廊。舉一個常見的負壓室例子，一間帶排氣扇的浴室就是一間負壓室。負壓條件形成后，關閉浴室門，風扇就會阻止不好聞的味道和濕氣逸出浴室。
要產生負壓狀態，可通過平衡房間的通風系統，讓自動排放的空氣多于自動提供的空氣即可實現。這樣就造成通風不平衡，房間通風系統不斷從房間外面吸進空氣補充。在一間經過精心設計的負壓室里，空氣完全通過門下面的一個縫隙（一般大約半英寸高）流入。除該縫隙外，這間負壓室應該盡可能密封，以防止空氣通過各種其它裂縫和縫隙進入，例如窗戶四周的各種縫隙，墻上照明設備以及插座等。即使房間已經實現了負壓條件，這些地方漏進的空氣仍可能抵消或者消除房間的負壓狀態。
實現和維持房間負壓以便空氣流進房間所需的最小壓力差非常小（水位表的0.001英寸）。實際實現負壓值取決于通風系統空氣消耗量與供應量的差額及房間的結構和大小，包括空氣流動路徑和流動開口。如果房間密封情況良好，則很容易實現高于0.001英寸水位表的負壓值。但如果房間密封情況不佳，正如很多衛生機構的實際情況（特別是比較舊的醫療機構），要實現較大的負壓值可能需要排放量/供應量差值大于通風系統容量。
要在一間通風系統正常運行的條件下實現負壓環境，首先調節房間的空氣流動供應量與排放量，實現排放量比供應量高10%或者高50立方英尺/分鐘（取決于較高值）即可。大多數情況下，這種標準就能夠實現至少0.001英寸水位表的負壓值。如果無法實現0.001英寸水位表的負壓值，也不能通過增加流量差額（在通風系統允許范圍內）實現，則應仔細檢查該房間是否存在縫隙（例如門縫、窗縫、水管裝置和各種嵌入墻壁的裝置等），然后采取補救措施，密封這些裂縫。
房間內的負壓值可通過改變通風系統運行或者打開和關閉房間的門、走廊門或者窗戶而改變。如果已經建立起一種運行結構，應確保妥善關閉負壓室以及其它區域（例如影響空氣壓力的走廊門）的所有門窗，人員需要進入或離開房間或區域的情況除外。
煙霧試驗
煙霧試驗是一種很簡單的程序，用于確定房間是否已處于負壓狀態。將一節火管置于負壓室門下方，與門保持約2英寸的距離。輕輕擠壓火管球莖，讓火管產生少量煙氣。手持火管，與門保持平行，煙氣從管道中慢慢排出，確保煙霧排出速度低于空氣速度。如果房間已處于負壓條件，煙霧則會從門下方流入房間。如果房間處于非負壓條件，煙霧則會吹向門外或者保持靜止不動。
該試驗必須在門保持關閉的情況下進行，并且，房間的所有窗戶也必須緊閉。如果房間的空氣凈化器已在運行（包括通風柜或者生物安全柜），必須保持運行。如房間有接待室，則應測試從走廊到接待室以及接待室到房間的壓力差。