潔凈室施工質量控制可以分為3個階段：即準備階段、施工階段和驗收階段。
(一)準備階段質量控制要點
1.認真做好圖紙會審和技術交底
充分領會設計意圖，做好圖紙會審和技術交底工作是保障潔凈室施工質量的重要技術環節，發現和解決在施工中難以操作的技術難題，為保證潔凈室施工質量打下堅實的基礎。
施工中會出現各種矛盾，這需要施工方與設計、建設方合作，在保證潔凈室施工質量的前提下進行合理變更。
如在對某潔凈室改擴建工程檢查中發現，原設計的風管尺寸在主體大樓樓層高度受限制的吊頂層內根本無法施工，后經施工方與設 計人員和建設方的協調，在不影響工程質量的前提下，將風管尺寸從方形變為扁形，既滿足了風量要求，又保證了施工吊頂高度的要求。
2.嚴格控制材料設備質量
潔凈室的材料設備主要有各類裝飾材料和空調設備材料。對裝飾材料應嚴格按國家有關工程技術標準、施工質量驗收規范和設計文件的要求進行檢驗和驗證。潔凈室應使用不產塵、不積塵、耐腐蝕、防潮防霉和容易清潔并具有防火功能的材料，不能使用木材和石膏板作表面裝飾材料。
空調保溫材料也必須符合國家有關規定達到耐腐蝕、不產塵、不附著灰塵和防火等要求。
(二)工程質量控制要點
1.選擇經過專業培訓的施工隊伍
潔凈室施工涉及裝飾、暖通、電氣和醫用氣體等專業，施工人員須對潔凈室施工規范、施工工藝、施工質量有全面認識，否則，施工質量很難得到保障。
2.潔凈室內密封控制重點
潔凈室內密封控制重點內容是圍護結構的密封施工質量，如板材與板材之間應均勻涂密封膠，達到嚴密不漏風;潔凈室內的嵌壁器械柜與墻體之間、壁板上安裝的插座、開關、煙感探測器、照明箱體及醫用燈帶、觀片燈等都需要用密封膠進行密封，且器械柜中的各種管道和箱體之間也都必須采用可靠和有效的密封措施。
3.送回風管道質量控制
送回風系統管道的密封，是為防止不潔凈的空氣進入風管，阻止了風管內受污染的空氣滲透出去，從而可滿足潔凈室內的潔凈度和延長高效過濾器使用時間。施工中應重點控制管道加工、管道施工和設備的安裝質量。
管道加工時應著重做好風管設備的清潔和管道加工過程中的密封措施。管道加工時應采用優質鍍鋅鋼板制作，滿足平整、光滑、堅固及耐侵蝕的要求;消聲器內充填的消聲材料應不產塵、不掉渣(纖維)、不吸潮、無污染，不得用松散材料，纖維材料應為氈式材料，外覆可以防止纖維穿透的包材。不應采用泡沫塑料和離心玻璃棉。風管制作前用中性洗滌劑去油污，制作過程中防止劃傷，制作結束用白綢布揩擦內表面應無任何油污、灰跡為清洗合格。風管管段加工清洗合格后用塑料薄膜保護好風管兩端再運至現場安裝，所有風管配件及設備在安裝前都須擦拭干凈，否則不可安裝。