凈化工程主要的組成部分有六大部分，分別為：地面系統、風管系統、自控系統、電氣系統、給排水系統、空氣過濾系統六大部分。
地面系統：一般采用環氧樹脂潔凈地面。 圍護結構系統：簡單說是頂、墻、地三部分，即組成三維密閉空間的六個面。往細的說包括門窗、裝飾圓弧等；
風管系統：包括送風、回風、新風、排風管道、末端及控制裝置等；空調系統：包括冷（熱）水機組（包括水泵、冷卻塔等）（或風冷管道機級等），管路、組合式凈化空調箱（包括混流段、初效段、加熱段、制冷段、除濕段、加壓段、中效段、靜壓段等）；
自控系統：包括溫度控制、溫度控制、風量風壓控制、開啟順序和時間控制等；
電氣系統：照明、動力、弱電三部分，包括凈化燈具、插座、電氣柜、線路、監控、電話等強弱電系統；
給排水系統：給水、排水管道、設施及控制裝置等；
空氣過濾系統：初中高效過濾器等其他凈化設備：如臭氧、紫外線燈、風淋（包括貨淋）、傳遞窗、超凈工作臺,互聯鎖等凈化輔助設備
凈化工程可分為空氣凈化與水凈化工程，空氣凈化是在一定空間范圍內，將空氣中的微粒子、有害空氣、細菌等污染物排除，并將室內溫度、潔凈度、壓力、氣流速度與氣流分布、噪音振動及照明、靜電控制在某一需求范圍內的工程學科。凈化工程所特別設計的房間，不論外在空氣條件如何變化，室內均具有維持原先所設定要求之潔凈度、溫濕度及壓力等性能。