兩者的區別主要體現在以下方面：
1.舒適度
新風系統通過通風換氣的方式向室內引入新鮮空氣，補充氧氣，從而提高居住空間的舒適度，降低空氣中污染物的含量。其優點是不會出現新鮮空氣和污濁空氣混合的情況，使用時噪音相對較小。新風系統的作用空間一般包括臥室、客廳等，但每個空間都需要安裝單獨的設備。
空氣凈化器只能循環凈化室內空氣，并不會從室外輸入新鮮空氣到室內，因此與新風系統相比，其舒適度打了折扣。此外，部分空氣凈化器噪音較大，使用時容易影響人的睡眠。
2.使用條件
新風系統和空氣凈化器都有各自適用的條件，其中新風系統適用于需要換氣卻又不方便開窗戶的居室。
空氣凈化器適用于需要在短時間內對空氣進行凈化的居室，并具有購買渠道多、無需專業施工安裝、可即插即用。