廠房空調通風設計根據其特點劃分為三個系統：
A．粉針生產線的結晶、過濾干燥、分裝間為無菌潔凈間，室內相對濕度要求低（40±5％）。生產過程中揮發二氯甲烷等易燃易爆氣體，又為 低濕防爆間。根據《采暖通風空調設計規范》有關規定，上述房間設計為恒溫、低濕、潔凈直流空調系統（KJ－1），同時設計了與KJ－1聯動的P1－ 1排風系統。
B．精洗、消毒、配液、無菌洗衣等房間為恒溫恒濕潔凈空調系統（KJ－2），其中配液生產過程中揮發易燃易爆氣體，泵房有尾氣等，故空 調采用直流送風，此兩間設計了與KJ－2聯動的P2－1排風系統。
C．口服藥生產線的干燥間、內包裝間、離心機間等為防爆間，內包裝間的粉塵較大，從防火或衛生考慮都無法回風。故為上述房間設計了K J－3恒溫恒濕潔凈直流空調系統。合成間為防爆間與上述房間相鄰，排風與上述防爆潔凈間合為一個P3－1排風系統，P3－1與KJ－3聯動。