建立萬級食品凈化車間對于食品安全生產的菌污染防護措施可起到相當重要的作用。食品細菌污染防護是食品安全體系中的一個環節，其重點在于生產加工的過程中，如何有效避免細菌對食非蓄意的污染，并將這種非蓄意污染預測出來，采取相應的細菌污染防護措施。食品凈化車間可保證食品不被細菌二次污染或二次交叉感染，保證食品的質量與安全衛生，有效延長食品的保質期，降低食品在質保期內霉變的概率。
為了順應時代發展趨勢，不斷加強食品安全科技建設，通過GMP無塵車間認證，所有食品生產廠商將打造食品凈化車間，達到食品級無塵無污染標準。各食品生產廠商希望通過食品凈化車間的建設進一步提升產品的質量，為食品安全貢獻一份力量。要保障食品的安全衛生，在食品生產的過程中就要進行嚴格的八關控制，而生產過程中食品凈化車間的建設必不可少。
有了食品凈化車間，我們還必須做到：一是控制生產人員的規范化操作;二是控制外部環境污染(要建立相對較有潔凈度的操作空間);三是采購源頭杜絕有問題產品原料。
1、食品凈化車間面積應與生產相適應，布局合理，排水暢通;
2、凈化車間地面用防滑、堅固、不透水、耐腐蝕的材料修建，且平坦、無積水、并保持清潔;
3、食品凈化車間出口及與外界相連的排水、通風處裝有防鼠、防蠅、防蟲設施。
4、車間內墻壁、天花板和門窗使用無毒、淺色、防水、防霉、不脫落、易于清洗的材料修建。墻角、地角、頂角應當具有弧度(曲率半徑應不小于3cm)。
5、食品凈化車間內的操作臺、傳送帶、運輸車、工器具應當用無毒、耐腐蝕、不生銹、易清洗消毒、堅固的材料制作。
6、應當在適當的地點設足夠數量的洗手、消毒、干手設備或用品，水龍頭應當為非手動開關。根據產品加工需要，車間入口處應當設有鞋、靴和車輪消毒設施。應當設有與車間相連接的更衣室。根據產品加工需要，還應當設立與車間相連接的衛生間和淋浴室。