1).建筑布局和裝修方案：是潔凈實驗室-生物安全實驗室安全運行的基礎。由于微生物病菌的危險性，必須防止危險性微生物向外界擴散，全面地阻斷危險性微生物與外部環境的接觸途徑，同時避免微生物受外界污染，影響實驗結果的準確性，必須采取合理的實驗室布局和裝修方案。實驗室布局按照安全要求合理地劃分成清潔區、半污染區和污染區，采用人與物分別設置專用通道，設置必要的緩沖間，采用一次隔離和二次隔離等措施，能有效的避免交叉污染，從根本上防止危險性微生物的擴散;實驗室裝修采用可靠的材料，合理的施工措施，保證潔凈實驗室-生物安全實驗室始終處于相對密封的環境，防止微生物的外逸，易于實驗室的清潔消毒，同時避免外部對實驗室環境的破壞。
2).控制系統：是整個潔凈實驗室-生物安全實驗室安全運行的神經中樞。由于潔凈實驗室-生物安全實驗室的實驗對象是危險性的微生物，出于嚴格控制污染的原則，它要求以最少的維護人員，運用最優化的管理維護手段，來實時監控每一個實驗室中設備所處的物理環境，保證實驗室運行過程中始終處于相對負壓環境，防止危險性微生物外泄。
3).檢測方案：是潔凈實驗室-生物安全實驗室長期安全運行的保證。由于潔凈實驗室-生物安全實驗室的特殊性，除了進行嚴格的設計、施工、調試外，為確保其安全性，必須對其進行必要的工程檢測和嚴格的驗收，達到安全要求和使用要求后才可投入運行。另外，使用過程中的一些因素，如非專業的管理和使用，高效過濾器的更換等，都會對實驗室的安全性產生影響，因此，使用中的定期檢測與同樣重要。
2).控制系統：是整個潔凈實驗室-生物安全實驗室安全運行的神經中樞。由于潔凈實驗室-生物安全實驗室的實驗對象是危險性的微生物，出于嚴格控制污染的原則，它要求以最少的維護人員，運用最優化的管理維護手段，來實時監控每一個實驗室中設備所處的物理環境，保證實驗室運行過程中始終處于相對負壓環境，防止危險性微生物外泄。
3).檢測方案：是潔凈實驗室-生物安全實驗室長期安全運行的保證。由于潔凈實驗室-生物安全實驗室的特殊性，除了進行嚴格的設計、施工、調試外，為確保其安全性，必須對其進行必要的工程檢測和嚴格的驗收，達到安全要求和使用要求后才可投入運行。另外，使用過程中的一些因素，如非專業的管理和使用，高效過濾器的更換等，都會對實驗室的安全性產生影響，因此，使用中的定期檢測與同樣重要。